Hat die Geheimbasis einen Sinn?

Jein. Die Geheimbasis hat keinen Einfluss auf den Spielverlauf. Der einzige Sinn dahinter ist, dass es einem Spaß machen soll. Manche finden es unnütz, andere recht nett.

Durch Statistiktausch (siehe ähnliche Frage) über Linkkabel kann man in die Basen deiner Freunde und dort gegen diesen kämpfen. Dies eignet sich v.a. für schnelles EV-Training.

Items die man dort raubt, verliert man nach dem Kampf leider wieder. Dies ist verständlich, da sonst damit Meisterbälle dupliziert werden hätten können.